In anul 2006 Marian Petrache este numit Secretar de Stat la Cancelaria Primului Ministru, apoi incepand din mai 2007 indeplineste functia de Secretar de Stat pentru comunitati locale la Ministerul Internelor si Reformei Administrative (MIRA). De asemenea, Marian Petrache este presedintele Comisiei privind Determinarea Oportunitatii Proiectelor, instituite in baza Ordonantei Guvernului nr. 7/2006.